Integración de bases de datos bioinformáticas a la plataforma Multiomix, para mejorar la interpretación de potenciales biomarcadores oncológicos
| Autor Principal: | |
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| Otros autores o Colaboradores: | , |
| Formato: | Tesis |
| Lengua: | español |
| Datos de publicación: |
2023
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| Temas: | |
| Acceso en línea: | http://catalogo.info.unlp.edu.ar/meran/getDocument.pl?id=2612 Consultar en el Cátalogo |
| Descripción Física: | 1 archivo (1,2 MB) : il. col. |
Tabla de Contenidos:
- 1. Introducción
- Objetivo general
- Contexto y motivación
- Objetivo detallado - desarrollo propuesto
- Resultados esperados
- 1.1 Definiciones
- Conceptos de medicina y biología molecular
- Cáncer
- Biomarcador
- Biomarcador pronóstico
- Estudios ómicos
- Genómica
- Transcriptómica
- Proteómica
- Dimensiones de Datos en Multiomix
- Transcriptoma
- miRNA
- CNA (Alteraciones Cromosómicas Numéricas)
- Metilación
- Pathways
- Bio Api
- 2. Marco de trabajo
- Stack de tecnología
- Base de datos
- Lenguaje y framework de desarrollo
- Despliegue
- Proceso de desarrollo
- Weeklies
- Organización de tareas
- Colaboracion bioinformaticos y genetistas
- 3. Descripción general de Gene Ontology (GO)
- Conceptos básicos de gene ontology
- Ontología
- Función biológica
- Función molecular
- Componente celular
- Proceso biológico
- Base de conocimientos de Gene ontology
- Recursos primarios de Gene ontology 21
- Motivación
- 3.1 Integración de ontología GO a BioAPI
- GO slims
- Formato OBO
- Estructura
- Relaciones jerárquicas
- Relaciones no jerárquicas
- Importación
- Actualización
- Schema
- Endpoint
- Motivación
- Definición
- Algoritmos
- BFS jerárquica hacia la raíz
- BFS jerárquica a hijos
- BFS no jerárquica
- Merging de los resultados de los recorridos
- Request
- Respuesta
- Respuesta exitosa
- Cómo representar el subgrafo
- Ejemplo
- Respuesta con error
- Optimizaciones
- Índices
- Métricas
- 3.2 Integración anotaciones GO
- Formato GAF
- Homo sapiens
- Importación
- Actualización
- Normalización de alias de genes
- Logs
- Schema
- Endpoint
- Motivación
- Unión
- Intersection
- Algoritmos
- Request
- Respuesta
- Respuesta exitosa
- Ejemplo
- Respuesta con error
- Optimizaciones
- Índices
- Métricas
- Problemas
- Problemas de función de alias
- Problema encontrado en los logs
- Problema de evidencia en bd
- 3.3 Integración de librerías para Gene Enrichment
- Cómo funciona
- Motivación
- Conceptos estadisticos
- P-value (valor p)
- Correction method (método de corrección)
- Librería GOATOOLS
- Estructura de datos diferentes
- Falta de documentación
- Gprofiler
- Librería en R y su wrapper para python
- Anotaciones extra
- Solución
- Búsqueda de anotaciones locales
- Endpoint
- Request
- Respuesta
- Respuesta exitosa
- Ejemplo
- Respuesta con error
- Optimizaciones
- 4. Integración de PharmGKB
- Estructura
- Importación
- Actualización
- Schema
- Endpoint
- Request
- Respuesta
- Respuesta exitosa
- Ejemplo
- Respuesta con error
- Optimizaciones
- Métricas
- Índices
- Problemas
- 5. Integración de STRING
- Archivos
- Importación
- Actualización
- Problemas
- Reducción de Ceros Redundantes
- Redundancia de Relaciones Bidireccionales
- Estructura de base de datos en mongodb
- Endpoint
- Request
- Respuesta
- Respuesta exitosa
- Ejemplo
- Respuesta con error
- 6. Integración de Drugbank
- Motivación
- Licencias
- Licencia académica
- Alternativas
- Scraping
- Crear el proceso de importación y el endpoint vacíos
- Generar un link a drugbank
- Endpoint
- Request
- Respuesta
- Respuesta exitosa
- Ejemplo
- 7. Conclusiones
- Trabajos futuros
- Publicación de paper
- Integración a multiomix
- Próximas versiones
- Bibliografía